I den årlige regionsaftale udstikkes de overordnede økonomiske rammer for det følgende år. Økonomiaftalen gælder for regionerne under ét og tillader dermed regionerne samlet set at tilpasse udgiftsniveauet til lokale præferencer og behov.
Regionernes økonomi er opdelt i tre adskilte områder:
- sundhed
- regional udvikling
- social- og specialundervisning
Det samlede niveau for regionernes udgifter og indtægter på sundhedsområdet og det regionale udviklingsområde fastsættes i aftalen om regionernes økonomi. For social- og specialundervisningsområdet gælder, at regionerne varetager driften, mens kommunerne har finansierings- og myndighedsansvaret. Derfor indgår social- og specialundervisningsområdet i aftalen om kommunernes økonomi.
På baggrund af økonomiaftalen vedtager regionerne i efteråret deres budgetter for det kommende år og opgør i foråret deres regnskaber for det forgangne år. I forlængelse heraf indberetter regionerne budget- og regnskabsoplysninger til Danmarks Statistik og Indenrigs- og Boligministeriet.
På baggrund af de indberettede budget- og regnskabsoplysninger tager regeringen stilling til, om regionernes budgetter og regnskaber holder sig inden for de aftalte økonomiske rammer eller sanktionsloven skal tages i brug. Aftale- og budgetoverholdelsen for de enkelte år kan ses i kolonnerne.